Interdisciplinary Connexions Rulaz! 2006/07/22

Her ne kadar kimilerine göre "ya heralde yani bunun tartışılacak tarafı mı var, biz bunları ortaokul çağımızda düşündük geçtik" seviyesinde bir düşünce de olsa, uzun süredir bilgisayar bilimlerinin tek başına çalışmak için yeterince keyifli bir alan olmadığını, bilimsel anlamda işe yarar üretimlerde ciddi pay sahibi olabilmek için bilgisayar bilimleri insanlarının bir kısmının interdisipliner bir çalışma temposu tutturması gerektiğini düşünüp duruyordum.

Böyle bir fikri zaten bir bilgisayar bilimleri meraklısı kolaylıkla kabullenebilir de, interdisipliner bir ilişki içerisine girmeyi planladığı insanlara, "bilgisayar temelli insanlara aslında ne kadar ihtiyaçları olduğunu anlatmak" biraz zaman alabiliyor ne yazık ki.

Elinde 4 milyon satırlık action potential verisi olan ve "ne yapacağım ben bununla" edası ile bilgisayarın monitörüne bakan neuroscience profesörüne "hocam ben bunu aslanlar gibi analiz eder sana istediğin veriyi çıkartırım buradan" demek ve ona da "oo koçum ya sen nerelerdeydin" dedirtmek kolay; tabi elbette sadece hamallık yapmak istiyorsanız.

Fakat "ben bu olaya damardan giriyorum bak, sonra ben şu deneyi de yapalım dediğimde bana sen computer scientist'sin, bu konularda konuşma bakalım dersen külahları değişiriz" modunda olaya yaklaşmaya niyetlendiğinizde "e o zaman ben senin yerine biyolog beslerim ki, laf mı senin de dediğin" sözünü de dolaylı olarak duyabilme ihtimaliniz de ne yazık ki azımsanacak bir olasılık değil.

Halbuse işin aslı öyle değil. İşin aslı, insanların yıllardır içinde oldukları bir bilim dalına, yıllar boyu farklı bir bilim dalının öğretileri ile yoğurulmuş birisinin gözünden bakabilmenin önemini kavramaları gerektiği. Fakat aydın ve ileri görüşlü insanlar bile kimi zaman böyle bir çeşitliliği risk olarak görebiliyorlar.

(...)

Tam ben bu düşünceler içerisindeyken bu gün şöyle bir gelişme oldu: AIDS'e tedavi bulmak gibi uç bir sonuca dahi varabilecek genç bir konuda (microRNA hadisesi) araştırma yapmak üzere yel değirmenlerine cesaretle saldırmış bir kardeşimiz ile güçlerimizi bir süreliğine birleştirmeye karar verdik. Başta mesele 500 satırlık bir ihtiyaçken "sen bana işin aslını anlat bakayım, nedir bu mevzu" diye sormam sureti ile start verilen istişare, bir hücre biyologu Ahmet Zehir kardeşimiz ile bilgisayar insanı A. Meren Urat kardeşiniz arasında geçen 45 dakikanın ardından şöyle bir noktaya vardı (daha sonra Ahmet söz verdiği verileri göndermek için bir e-posta döşenmiş ve tartışmalar hakkındaki son kararına e-postasında yer vermiştir):

 

Şimdi senin bu birer nükleotid atlayarak free energy hesaplama ve bunu grafik
yapma fikrin aslında düşününce süper. Yani eğer negatif serbest enerjiye sahip
bölgeler miRNA'e bağlı bir regülasyona daha fazla mağruz kalıyorlarsa (yada bu
assumption doğru ise) bu senin grafik olayı, verilen herhangi bir UTR üzerinde
kullanılıp olası miRNA hedef bölgeleri tespit edilebilir. Yani temele
baktığında şu anda kullanılan her hangi bir program kadar kullanışlı olabilir.
Hatta bu grafiği eldeki hazır database'ler (complementary bolgeleri temel alan
database'ler) ile birleştirip daha kesin sonuçlar elde edilebilir. Yani demeye
çalıştığım, eğer bunu bir şekilde tamamlayıp, bilinen miRNA'ler ve bunların
hedeflediği UTR'lar üzerinde deneyerek doğrularsak, bu başlı başına bir paper
bile olabilir.

Hiç bir şey anlamayanlar üzülmesin, bütün olan biteni anlamak için sadece okumak yetiyor. Bilgisayar bilimleri gibi interdisipliner çalışmaya yatkın bir alandan geliyorsanız tecrübenizi bilgisayar bilimleri ile kısıtlamayın :)